Bonjour Thomas.
Contrairement à mes articles très clairs, rien n’est très clair par rapport à cette question. Le BOFIP ne précise en effet pas ce cas particulier, et j’ai eu l’occasion de lire et d’entendre tout et son contraire.
La seule phrase du BOFIP qui pourrait correspondre est celle-ci, à propos des exceptions au dépenses non déductibles (http://bofip.impots.gouv.fr/bofip/4050-PGP alinéa 60) : « Les dépenses de réparation et d’entretien engagées en vue de faciliter la location peuvent être admises en déduction dès lors qu’elles sont engagées en vue de l’acquisition et de la conservation du revenu et qu’elles sont supportées par le propriétaire. »
Mon avis (partagé me semble-t-il par une majorité) est que ces travaux sont déductibles si vous avez effectivement loué votre appartement immédiatement après la fin des travaux. Le mieux étant de poser clairement la question par écrit à votre centre des impôts.